墩头镇地域古名“仇湖”，古《海陵县志》云：“泰州城东北一百里处有仇湖……”不过，历史上的仇湖是一个地域范围颇大的湖泊群，现在的墩头区域是仇湖的中心地带。

仇湖的消失，是历代劳动人民同自然界不断斗争的结果，加之明朝初年，朱元璋下令向江淮移民，大量苏州移民迁入，不断围田垦荒，昔日的湖荡范围不断缩小，作为“湖”已逐渐消失，最后只剩下两、三个几十亩地大小的湖荡。

墩头镇的文明史可上溯至新石器时代，从一河之隔的青墩遗址和境内长各头遗址可知，早在5000多年以前，我们的祖先就在这块土地上耕耘。西汉以来，这里盛产“吴盐”，是上官运盐河和串场河河畔规模较大的盐场之一，民间有“先有仇湖三十载，后有三十六盐场”之说。根据墩头和八娘湾的传说，唐朝初年，这里曾驻扎过唐太宗的兵营，墩头庄是唐太宗的点将台。“千步沟”和“泥家溪”的地名掌故，说明这片土地上曾留下了岳飞抗金和朱元璋、张士诚抗元的足迹。

历史上的墩头地域较长时间隶属于古海陵县(泰州)，从东晋义熙七年(411年)起，海安县几度建废，县域界限不详，故墩头区域的隶属关系亦无法考证。清乾隆三十三年(1768年)，析泰州之东北境置东台县，本镇内原吉庆一带属泰州(泰县)，墩头、双溪、仇湖一带属东台县。民国元年(1912年)泰县划分为8市40乡，原吉庆一带属校林乡。东台县划分为18市9乡，原墩头、仇湖、双溪一带属南芗市。1929年东台县划分为9个区，原南芗市改为东台第五区，墩头大部分属东台五区。1943年建立紫石县后，设立仇湖区，直到上世纪末，仇湖区几经建撤、调整，但大部分地段和今天的墩头镇的范围大致相当。半个世纪多，仇湖区公所长期住墩头集镇。抗日战争时期，中共兴东泰地委和联抗司令部长驻墩头镇。

解放前后，海安县有172个小乡，6个镇，从1950年2月起，海安县不断进行行政区划调整，1950年全县有150个乡镇，墩头境内有墩头、鹿汪、曹朱、仇东、仇西、禾凤、吉庆、千步、严网、毛庄、校林(部分)、王舍、江杨等小乡。1956年3月5日，海安县将全县合并为73个乡，3个县属镇，墩头境内有墩头、鹿汪、仇湖、丁禾(部分)、烈士、校林(部分)、江杨等乡。1957年10月27日，海安县将原有73个乡合并为36个乡，墩头境内墩头、鹿汪乡合并为墩头乡，烈杨乡合并给南莫乡。1958年10月实行人民公社化，境内有墩头、仇湖、烈士三个人民公社和南莫公社、邓庄公社的部分大队。1971年3月，海安县划墩头东南郊、仇湖南部、烈士东北部建立了良种场。1983年良种场撤销建制，场部合并给仇湖乡，属地归拨给原所属公社。1971年在原鹿汪乡(部分)和江杨乡旧地建立了新海农场，后改为新海公社(双溪乡)。1983年，实行乡建制，墩头区域内有墩头、烈士、仇湖、双溪四乡。1986年原墩头乡撤乡建镇。1992年5月，原烈士乡撤销改建吉庆镇。1995年原双溪乡合并给墩头镇。1995年10月原仇湖乡撤乡建镇。2004年7月，仇湖、吉庆二镇全部合并给墩头镇。自此，墩头镇拥有18个行政村，土地面积115平方公里，人口7.3万人，为全县第二农业大镇。